在FFU的应用领域内，其控制系统的应用率还是比较低的，国际市场上流行的FFU智能化控制系统一般针对配备无刷直流电机的FFU。特别是在全球能源越趋紧张的今天，控制系统的节能效益越来越被人所重视。每个洁净室根据产品的生产工艺，决定相应的风速，同时又不得不考虑能耗问题。而一般的控制系统所能调节的风速范围有限，不能根据具体的要求提供精确的风速，特别是在8小时之外的休息时间，仍然保持较高的风速，这无疑带来了能源上的巨大浪费。针对这种现状，国内推出了能够数字化调节风速的FFU智能化控制系统。该系统操作简单，界面友好，特别是可根据洁净室的具体风速要求（例如0.37m/s,0.28m/s），数字化设定。此FFU控制系统是一套集散型控制系统，能够方便的实现现场分散控制和集中统一管理功能。可灵活控制洁净室每台风机的起停和风速，该控制系统利用中继器技术，解决了驱动能力的问题，可控制无限台风机。