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尽管在我国的GMP验证中早已推荐了臭氧灭菌方法，但臭氧在药品生产中的应用是在近二年才开始热起来。用得比较成功的有以下几个方面：
（一）容器的消毒灭菌
在药品生产中，坛坛罐罐用的很多，分别用管道阀门，仪表连接起来，组成一个生产单元。对它的消毒，传统方法中比较好的是用酒精浸泡。反应罐，储存罐小的一吨半吨，大的十吨几十吨，都要罐满酒精，酒精用量之多可想而知。消毒完毕后，再将酒精放掉，但在转弯抹角处，仪表阀门的接头处，还会有酒精的残留，去除这些残留酒精，要用氮气吹，直到吹干为止。酒精用量多，消毒时间长，操作过程复杂。用高压蒸气也存在同样的问题，都很费力。
现在用臭氧消毒技术来代替，相对来说要省事的多。具体方法是：将高浓度的臭氧直接打入管道容器，保持臭氧尾气有一定的浓度，就可以达到消毒灭菌的要求。因为是对管道容器进行表层的消毒，所以臭氧浓度用的高一点，我们的设计浓度大于50ppm。
用臭氧对管道容器做消毒灭菌的优点非常明显，臭氧发生器可以流动使用，对不同的罐进行消毒，每个生产单元在每次换料前，都可以及时得到消毒，使用效率很高，很方便，不要用那么多的酒精，不要用氮气，也不要用高压蒸气。所以在制药厂得到广泛应用。
（二）利用中央空调净化系统对洁净区的消毒灭菌
在制药厂，一般来说，洁净区面积较大，多用中央空调净化系统完成对各洁净区的净化消毒。传统的消毒方法是用甲醛熏蒸，如上所述，甲醛熏蒸的弊病不少，用臭氧消毒来代替是一个好方法。其方法是：将臭氧发生器直接放在空调系统的风道中（称为内置式发生器）。臭氧随着风道的气流，送入各洁净区，对洁净区进行消毒灭菌，剩余臭氧吸入回风口，由中央空调带走。也可以将臭氧发生器放在中央空调管路的外面（称为外置式臭氧发生器），将臭氧打入中央空调的风道中，然后被送入各洁净室。外置式臭氧发生器安装检修方便，但制造成本要高一点。两种方法消毒效果都是一样的。按照卫生部消毒规范的要求，对空气消毒的臭氧浓度是5ppm。但事实上，洁净区的消毒不仅是对空气的消毒，实际上还包括了对物体表面的消毒，所以，我们设计的浓度为10ppm。每天上班前开机二小时，下班时关机，就可以保证一天内洁净区的浮游菌和尘降菌达到GMP的要求。
据检测报告，应用臭氧发生器，各洁净区在40分钟内，臭氧浓度均达到10ppm以上，菌检全部合格。而且每天都合格，完全替代了另人头疼的甲醛大消毒。同时，使非生产作业减少，能耗减少。
（三）无空调净化系统的洁净空间消毒灭菌
对于中央空调净化系统以外的洁净室，或需要灭菌的其它房间则需单独进行灭菌处理。方法是选用臭氧发生器（移动式臭氧发生器或壁挂式臭氧发生器），直接安装在该房间内。根据需要设定消毒时间，消毒结束便自动关机，所以使用起来更加方便。
对于有洁净度要求的房间，臭氧发生器机内装有过滤器，使其具有自洁功能。臭氧浓度按10-20ppm设计。按房间空间体积的大小选型使用。只要满足臭氧浓度的要求，就可以达到消毒灭菌的目的。比用化学试剂对房间的熏蒸要省事得多。
（四）物品表面消毒灭菌
在药品生产过程中，常常要对原材料，工器具，包装物等进行表面消毒，常常使用消毒柜，传递窗等。传统的方法是用紫外线消毒。主要存在问题是消毒不彻底。所以，若使用在诸如传递窗等要求不高的场合是可以的。就杀菌效果来说远不如臭氧的效果好。用臭氧发生器做成的灭菌柜在制药厂是深受欢迎的。只要不怕臭氧腐蚀的东西都可以放在柜内进行消毒。臭氧浓度可达到100ppm 以上。
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