高级别洁净室的建造费用很高，一般来说，100级垂直单向流的洁净室，其室内装修（墙、顶、地、门、窗等）和空调净化系统（包括制冷空调设备和管道配件、净化设备和配件等）的初投资大约为10000元人民币/m2；如果加上纯水制备设备和系统管道，纯气发生和系统管道，废水治理设备和管道，消防系统，供配电和自控系统，真空清扫系统等等，其单位面积的建造投资费用要高达25000~30000元人民币/ m2。

就拿已投产的上海华虹NEC超大规模集成电路芯片生产线洁净室举例来说，华虹NEC为月投片30000片8"硅片集成电路前工序生产线，有洁净室面积约12000m2，其中10000 m2是在中心部位，另2000 m2在边跨上。在中心部位的10000 m2洁净室中有4000 m2的1级、10级和100级的垂直单向流洁净室，另外6000 m2分别为1000级和10000级的非单向流洁净室，总送风量约6,400,000 m3/h。于1998年底建成投产。

该项目总投资约100亿人民币，其中动力设备和土建投资为20亿人民币，占总投资的五分之一。单核心部分的10000 m2的洁净室的建造费用就高达6000万美元（约5亿人民币）（日本三机株式会社施工），折合每平方米建造费用约50000元人民币/ m2。